Azido+Nukleikoak


 * Azido Nukleikoak **
 * 1.- Azido Nukleikoen oinarri molekularrak : **
 * 1.1- Nukleosidoak **: base nitrogenodun bat eta pentosa bat l otzetik sortzen dira.
 * Nukleosidoa = Base nitrogenodun bat + Pentosa bat** ( beta-Erribofuranosa edo beta-2,desoxierribofuranosa).

Baseak **puriko** edo **pirimidinikoak** izan daitezke (ezkerreko irudian). Base __Purikoak__ bi dira (**Purina**-ren eraztun bikoitza daukate): ** Adenina ** eta ** Guanina **. Base __Primidinikoak__ hiru dira (**Pirimidina**-ren eraztun hexagonala aurkezten dute) : ** Timina **, ** Zitosina ** eta ** Uraziloa **.

Ondoko irudian, ADNaren nukleosidoak ikus daitezke: Erabiltzen den basearen izenari erantsi behar zaio -//**osina**// atzizkia (base purikoekin) edo -//**idina**// atzizkia (base pirimidinikoekin):
 * Nukleosidoen izendaketa**:
 * 1.2- Nukleotidoak **: Nukleosido bat gehi fosfato, ondoko irudietan ikusten den bezala.
 * Izendaketa**:
 * Nukleosidoaren izenari erantsi behar zaio - 5, fosfato ** **.**
 * Adibidez:**
 * //Adenosina 5, fosfatoa//,**
 * //Timidina 5, fosfatoa,//**
 * .... eta abar.**

JARDUERA: Sartu **//Biomodel//** aplikazioan eta azter ezazu: //Bases Nitrogenadas, Nucleosidos, Nucleotidos//: ** (1) ** Baseak, Nukleosido eta Nukleotidoak

Ondoko Taularen irudietan, Biologian garrantzi handia duten zenbait mononukleotido eta dinukleotido aske: **ATP**, **NAD** eta **FAD**. ATP ADP
 * 1.3- Garrantziko handiko zenbait mononukleotido eta dinukleotido: **
 * ** Adenosin Tri Fosfatoa ** (ATP)

AMP Molekula honen bitartez, "energia-bilketa eta ordainketak" egiten dira, metabolismoan. || . || Dinukleotido honen lehenego osagaia, **Adenosina** da eta bigarren nukleotidoa, **Niazina**. Niazina, B 3 bitamina da (edo PP bitamina, antipelagrakoa)
 * ** Nicotin Adenin DiNukleotidoa ** (NAD)

Erreakzio metabolikoetan, **oxidatzaile** bezala erabiltzen da, gure zeluletan. || || Dinukleotido honen lehenego osagaia, **Adenosina** da eta bigarren nukleotidoa, **Erriboflavina**. Erriboflavina, beste bitamina bat da,B 2 bitamina. Erreakzio metabolikoetan, **oxidatzaile** bezala erabiltzen da, gure zeluletan. || ||
 * ** Flavin Adenin DiNukleotidoa ** (FAD)

**Testuinguru historikoa**: ADN-B molekularen egituraren aurkikuntzaren protagonista nagusien galeria
 * 1.4- Nukleotidoak lotzeko lotura **: Dinukletidoak, Trinukleotidoak ............. Polinukleotidoak. Azido Nukleikoetan, nukleotidoren arteko loturak: ** 3´-tik 5´-erako fosfo diester **motakoak izaten dira. Azter ezazu ondoko irudia:
 * 2.- Azido Nukleiko motak **:
 * ** Rosalind E. Franklin eta bere //51. argazkia//. ** Bere datuak ezinbestekoak izan ziren DNAren egitura argitzeko. **Raymond Gosling** biologoarekin batera, **X izpien** difrakzioaz oso argazki onak egin zituen Rosalindek.

Lan hau gogorra eta itzela izan zen, baina molekularen egiturari buruzko ezagupen asko lortu ziren, difrakziozko irudi horiekin.

Bereziki, **51 zenbakiko argazkia**; argazki horren interpretaziotik argi ikusten zen DNA molekula helize bikoitz batez eratuta zegoela.
 * Maurice Wilkins** eta **Rosalind Franklin** laborategi berean lana egiten ba zuten ere ez zire elkarren artean ondo konpontzen, gizonkeriz eta jaloskor portatzen bait zen Wilkins.

Argazki horrekin eta **Franklin**-ek bere ikerketan bildutako datuekin, DNAren egitura aurkitu zuten **Watson** eta **Crick-**ek, beraiek aurrerago onartuko zuten bezala. **Rosalind Franklin** -en ohorean media type="youtube" key="IkiDYN6fgJM" width="336" height="187" || ** Francis Crick eta **** James Watson ** **R. Franklin** eta **Chargaff**-ek egindako aurrerapenez baliatu ziren ADN-B katearen espazio-eredua zehazterakoan, 1953.ko otsailaren 28an. //Medikuntzako Nobel// saria irabazi zuten 1962.ko urtean ** Watson eta Crick **, "eraiki" zuten eredu molekularraren aurrean. || ** Edwin Chargaff ** **E. Chargaff** konturatu zen (1952) ADNaren lau base nitrogenatuen kontzentrazioa, beti, arau hauen araberakoa zela a) **Adenina (A) molekulen kopurua eta Timinarena (T) berdinak dira**. b) **Guanina (G) molekulen kopurua eta Zitosina (C) berdinak dira.** c) **Base purikoak (A+G) = Base pirimidinikoak (T+C)**
 * Wilkins-**ek **Franklin**-ek DNAri ateratako 51.argazki hori **Watson-**i e rakutsi zion, ** //Franklin-en baimenik gabe// **.


 * Watson eta Crick-ek arau hauek kontuan hartu zituzten ADNare**** n espazio egitura **

** M.F.Wilkins **

**Rosalind Franklin eta M.F. Wilkins** ez ziren ondo konpontzen elkarren artean. Izaeraz ere, **Wilkins** eta **Rosalind** kontrakoak ziren. Rosalindek ezin zion egoerari aurre egin. Urterekin, bien arteko harremana asko okertu zen. Baina ez zen izaera-kontu soila izan.
 * Londres-ko King’s Colledge**-n egiten zuen lana, Rosalind Franklin-ekin batera.


 * Wilkins-**ek, noizean behin kanpoan ematen zituen hitzaldietan, Rosalinden argazkiak eta emaitzak erabiltzen zituen King’s-eko laborategietan egiten zen ikerketaren eredu bezala (eta Franklin-i baimenik eskatu gabe, jakina).

ADNaren ikerketaren historioan, gaiztoaren protagonismoa hartu duen zientzilaria izan da. ||

**ADN-B** molekularen egitura sekundarioa. **Watson eta Crick**-ek aurkitutako eredua. **Ezaugarriak**: 1.- ADN- a **helize bikoiztun bat da**, bi kate polinukleotidikoz osatua. 2.- Bi kate hauek, **antiparaleloak** dira; mutur beretik hasita, kate baten fosfodiester loturak 3´tik 5´erako norantzan daude eratuta eta beste katean, 5´tik 3´rakoan. 3.- Bi kateak kiribiltze **plektonemiko** baten arabera kiribiltuta daude; helize plektonemiko honen diametroa, **2 nm**-koa da eta bira bakoitzaren luzera **3,4 nm**-koa. 4.- Egitura helikoidal antiparalelo honetan, barrurantz baseak aurrez aurre kokatzen dira. Beti puriko baten aurrean pirimidiniko bat. Bira bakoitzean, hamar base-pare daude. Base-pare batetik ondorengora, 0,34nm-ko distantzia dago. 5.- Base nitrogenodunen parekatzea horrelakoa da : **Timidina Adeninarekin**, **bi H-zubiz** elkarren artean lotuak eta **Adenina Guanosinarekin, hiru H-zubiz** lotuak. 6.- Helizearen kanpogainazalean zehar ,fosfato taldeak orientaturik daude, kanporantz; ingurune zelularrean, fosfato taldeak beti disoziatuta agertzen direnez, karga elektriko negatiboa aurkezten du ADN-helizeak. || media type="youtube" key="7Q2D4lzVNqA" width="336" height="187" Animazioa: ADN.aren egitura  ADN aren egitura sekundarioa: ** helize bikoitza ** media type="youtube" key="F5JazhVvlm4" width="336" height="187" || .  **ADN** motak: ** A-ADN **, ** B-ADN ** eta ** Z-ADN ** koen egiturak   **1.**- ADN-**A**  **2.**- ADN-**B (gizakiarena eta espezie gehienena)** **3.**- ADN-**Z** (levogiroa)    Sartu **biomodel** aplikazioan eta azter ezazu ADNaren ezpazio-egitura: ADNaren egitura 3D. (Biomodel. Ezinbestekoa). ADN harizpia eraikiko dugu.   || laborategian lor daiteke B-ADNa deshidratatuz (hezetasun erlatiboa %75). Baina egitura hau sortzen da ARN-harizpiekin, egitura sekundarioa lortzen duen zatietan eta ARN-ADN hibrido katebikoetan. || Ohiko egitura da, Watson eta Crick-ena. || Bai, egitura fisiologikoa da, zelula bizidunetan ager daiteke genomaren zenbait lekutan. Adierazpen genikoaren erregulazioan eragina omen du. ||  ADNa; oinarrizko harizpia  James Watson-ekin hizketan Azido Nukleikoen historia. media type="youtube" key="dnhZ5jEv_9I" width="392" height="219" align="left"
 * 2.1- ADN-a: ** Ezkerreko irudian, ADN-B motakoaren egitura ikusten da.
 * [[image:alaitznatura/DNA-Double-Helix.jpg width="550" height="317" align="center"]]
 * [[image:alaitznatura/TIPOS.png width="599" height="497"]] || **ADN-B** edo **B-DNA** katea bikoitzaren irudikapena:
 * Ezaugarrien laburpen-taula**:
 * Mota || ** A -ADN** || ** B -ADN** || ** Z -ADN** ||
 * **Nukleot- kop./bira** || 11 || 10 || 12 ||
 * **Helizearen Diametroa** || 2,3 nm || 2,0 nm || 1,8 nm ||
 * **Biren arteko distantzia** || dextrogiroa || 3,4 nm; dextrogiroa || levogiroa ||
 * **Baseek luzerako ardatzarekiko** **eratzen duten azala** || Makurtua || Perpendikularra || Zigi-Zagakoa ||
 * **Beste ezaugarri batzuk** || Ez da fisiologikoa, hau da, ez da zeluletan sortzen;
 * ADN-aren desnaturalizazioa ** : Tenperatura handitzeak, pH aldaketek edo/eta ingurugiroko baldintza ionikoen aldaketak basen arteko H-zubiak apur ditzakete eta ADNaren bi kateak bereizten dituzte, fosfodiester loturak eraldatu gabe: hau da ADN aren desnaturalizazioa.

Tenperatura eragilea denean, desnaturalizazioa ** fusioa ** deitzen da. ADNaren fusio puntua edo ** Tm ** (//melting temperature//) tenperatura zehatz bat da non ADN harizpi kopuru erdia desnaturalizatuta baitago (bi kateak bereiztuta).

Azpiunitaten handian Prokariotoetan : ARN 23S eta 5S, gehi 33 molekula proteiniko.
 * 2.2- ARNn ** : ARN nukleolarra, Zelula eukariotoen nukleoloan aurkitzen da; pisu molekular handiko molekula da (100-300 nukleotidokoa, ** 45 S **). Molekula honetik eratortzen dira ARN erribosomal desberdinak.
 * 2.3-ARNr : ** ARN erribosomala, ARN ugariena da, ARN guztiraren %50-a.
 * [[image:alaitznatura/230px-10_large_subunit.gif width="140" align="center"]]

Eukariotoetan : ARN 5S, 5,8S, 28S eta 45-49 proteína-unitate. || ARN-ak tamaina desberdineko molekulak dira, eta proteinekin elkartuta, erribosomak eratzen dituzte. Erribosomak, bi azpiunitatez osaturik daude: azpiunitate handia (ezkerreko irudia) eta azpiunitate txikia (eskubiko irudia). Erribonukleoproteinaz osatzen dira: ARNr -a proteinekin lotuta.

Prokariotoen erribosomak,21x29 nm-koak dira; eukariotoenak, 22x32 nm-koa partikulak dira, || Azpiunitate txikian: Prokariotoetan : ARN 30S eta 16S, gehi 21 molekula proteiniko . Eukariotoetan: ARN 18S eta 33 molekula proteiniko. ||.

ARNr- ek egitura sekundarioa eta tertzioarioa izan ditzakete, molekularen zenbait zonetan.

Sartu **Biomodel** aplikazioan eta ARN hautatu, bere egitura aztertzeko ** (8) ** ARNaren egitura tertziarioa ARNm molekula helduetan, "** burua **" identifikatu behar dugu, 5´ muturrean. Desberdina da prokarioto eta eukariotoetan. Prokariotoen ARN mezularietan, 5´ko muturrean trifosfato talde bat dago; ekukariotoenetan aldiz, metil-Guanosin trifosfato bat. Ikusten denez, ** buruak ** desberdinak dira. Eukariotoetan, ** exoi **, ** introi ** izeneko zatiak bereizten dira: introietako sekuentziek ez dute proteinak eraikitzeko informaziorik eramaten, informazio "adierazgarria" exoi zatietan dago. . Eukariotoetan, ADNtik sortzen den ARNm ak ** aurreARNm ** ak dira; ** aurreARNm ** guztiek ** heldutasuna ** lortu behar dute zitoplasmara joan baino lehen ("mezuak" eramaten dituzte, ADNaren informazioa nukleotik zitoplasmara eramaten dituzte). . Heldutasuna lortzeko eta ARNm helduak (erabilgarriak) izateko prozesu hauek burutu behar dira (nukleoan): a) Burua jarri behar zaie 5´ko muturrean (Informazioaren irakurketaren norantza adierazten da horrela). c) poli-A buztana gehitu behar zaie: irakuketa prozesuaren bukaera adierazteko. d) Introiak ebaki eta kateatik atera; horrela, exoi guztiak jarraian daude eta informazio "jarraia" emango digute. ** Splicing prozesua ** deitzen da ** . **
 * 2.4-ARNm: ** ARN mezularia.
 * Tamaina aldakorreko molekulak dira; egitura primarioa besterik ez dute. ADN tik "kopiatzen" dira (3´tik 5´rako harizpitik, harizpi gidaritik).
 * poli-A ** buztana 200-en bat Adenosinaz osatzen den gehigarria da, 3´muturrean lotzen dena.
 * Exoietan ** dauden nukleotidoek, hirunaka hartuta, ** Kodoi ** ak osatzen dute. Beraz, kodoi bat, hiru nukleotidoz (jarraiak) osaturik daude.

media type="youtube" key="hV6NSHjTR1s" width="392" height="219" align="center"

Prokariotoen ARNm molekula (katea) berean, mezu desberdin batzu joan daitezke, proteina desberdin batuzk egiteko informazioa: ** polizistronikoa ** dira. Eukariotoen ARNm molekula (Katea edo harizpia) bakoitzean mezu bakar bat doa eta "introieek zatituta" dago: ** monozistronikoak ** dira. || ||
 * ARNm heldua, ** nukleotik aterako da eta zitoplasman, erribosomekin eta ARN-t rekin batera, proteinen sintesia ahalbidetuko du.

ARNt etan, A, G, C eta U erabiltzeaz gain zenbait base nitrogenodun "berezi" ere erabiltzen dira (baian proportzio txikietan, nukleotido guztiraren %10 ren inguru): ** pseudouraziloa **, ** dimetilguanina ** ... Egitura sekundarioan **lau zati** bereizten dira:
 * 2.5-ARNt **: // ARN "transfer" //, Beheko irudietan, erdikoa ARN-t aren egitura sekundarioa (hiru hosto itxurakoa) eta eskubian, ARN-t aren egitura tertziarioa (L itxurakoa). Molekula txikiak dira (80-100 nukleotidokoak)
 * [[image:alaitznatura/ARN-t.jpg width="300" height="420"]] || a) ** Harrera besoa **: 5´muturrean G batekin eta 3´muturrean CCA sekuentziarekin. Mutur honetan alfa-AA bat lotzen da.

b) ** TpsiC besoa ** : erribosomarekin elkartzeko gunea da.

c) ** D besoa **: entzima berezi batekin elkartzeko gunea (20 aminoazil-ARNtsintetasa daude, bat alfa-AA baterako)

d) ** Antikodoiaren besoa **: beso honen erdian hiru nukleotidoko sekuentzia berezi bat dago, ** antikodoia **; honek, bere hirukote osagarria ARNm baten harizpian izango du, ** kodoia **.

ARNt aren egitura tertziarioa; bigarren mailakoa eratu ondore, **ARNt** katea bihurtzen da, ezkerreko irudian ikusten den espazio-arkitektura lortu arte

** 2.6- ARNpno edo snoRNA: **  ("//ARN pequeño nucleolar//") Nukleoloan agertzen dira; ARN 45S aren eraldaketa eta beste ARNr en sorreran erregulazio funtzioa egiten dute. Hauetaz gain, gaur egunean, ARN mota gehiago ezagutzen dira //(interferentziakoak//, //alderantzizko// edo //ARN antisentido// ...) Unibertsitatean landuko dituzunak; maila honetan, nahiko dugu aipatu ditugunekin.


 * 3.- Laburpena: ADN eta ARN-en arteko alderaketa: **

media type="youtube" key="LpcT1fJjvnQ" width="560" height="315" align="center"

Aurkibidera itzuli nahi dut