Mikrobiologia.+Morfologia+eta+genetika+bakterianoa.


 * Mikrobiologia. **

Hiru lerro ebolutibo hauek ** jabetzak ** deitzen dira (dominios) eta ** erreinuak **(reinos) baino jerarkia handiagokoak dira; hiru lerroak arbaso komun batetik eratortzen dira: ** LUCA ** ( Last Universal Common Ancestor ). ARNr-aren sekuentziak alderatu dituzte eta horrela sortu dute Biziaren zuhaitz genealogiko unibertsala (ikusi ondoko esteka). Biziduneen Hiru jabetzak. Mikroorganismoen sailkapena
 * 1.- Bacteria, Archaea eta Eukarya **: biziduneen hiru jabetzak:
 * ** Eukarya **: organismo eukariotoak, mintz plasmatikoan glizerolipidoak; ARNr eukariotikoa. || ** Bacteria **: zelula prokariotoak, beti zelulabakarrak, mintz plasmatikoan glizerolipidoak. Horma zelularra peptidoglikanoz osatuta. ARNr bakterianoa. || ** Archaea **: zelula prokariotoak; mintz plasmatikoan lipido isoprenoideoak (diglizerol dieter eta antzekoak); horma zelularrak ez du peptidoglikanorik. ARNr arkeobakterianoa. Baldintza gogorreko ingurugirotan bizi dira: extremofiloak . ||

Tamaina txikiko bizidunak ikasten ditu, ** mikrobioak **. Mikrobiologia barne, bakterioak (zelula prokariotiko mota bat), zianofizeoak (edo zianobakterioak, prokariotoak), mikoplasmak (oso prokarioto sinple eta xumeak, eukariotoen bizkarroiak), protozoarioak (eukarioto zelulabakar kimioorganotrofoak), protofitoak ( eukarioto zelulabakar fotolitotrofoak) eta zenbait eukarioto zelulanitz txiki (zizareak, akaroak,...) Mikrobiologia-k birusak ere ikasten ditu (Virologia) baina kontutan hartuta ** birusak ez direla egitura zelularrak **, ** ez dira zelulak eta ez dira bizidunak **; ez dakigu oso ongi zer diren; honengatik "zorro" berezi batean sailkatzen dugu, baina oso egitura txikiak direnez gero Mikrobiologiak ikasten ditu. Maila honetan, ez dugu "mikrobio" mota guztiak ikasiko: ** zelula bakterianoa **eta egitura edo ** partikula birikoak **besterik ez.
 * 2.- Zer ikasten du Mikrobiologia?: **

.

3.1- Oso tamaina txikikoak dira: tamaina txikituz doan neurrian, erlazio ** azalera/bolumena **handituz doa; ondorioz, zelula barnean,distantziak oso txikiak dira eta entzimak ez daude inoiz diluituta: ** tasa metabolikoa (abiadura metabolikoa) oso handia da **. 3.2- ** Ugaltze-tasa ere oso azkarra da **: bakterio askok, baldintza egokietan (tenperatura, elikagaiak ..) 20tik 90 minutura bitarteko bikoizketa denbora izaten dute. 3.3- Ingurunetik oso azkar hartzen dute elikagaiak (zuzenean) eta metabolismoaren hondakinak, zuzenean ere botatzen dute kanpora; beraz, ** ingurunea eraldatzeko gaitasuna **oso handia da.
 * 3.- Mikrobioen ezaugarriak: **

Birus partikula oso batek, birioi izena hartzen du. Azido nukleiko bat dauka, __**kapside**__ izeneko proteinazko babes geruza batez inguratuta. Batzuek, lipidoz osatutako __**bildukia**__ izan dezakete kapsidearen gainetik, ostalariaren mintz zelularretik eratorritakoa. Kapsidea birusaren **genoma**k kodetutako proteinez egiten da eta bere formak, birusak morfologikoki eta antigenikoki bereizteko balio du. __**Kapsomero**__ izeneko subunitatez osatuta dago kapsidea. Hauek proteina globularrak izaten dira eta batzuetan zati gluzidiko bat izaten dute lotuta. **Kapsomeroak** beren artean elkartzen dira, kapsideari forma geometriko bat emanez.
 * 4.- Birusak: egitura eta sailkapena. Ziklo birikoa. **
 * 4.1- Egitura **:

Orokorrean birusen artean hiru mota morfologiko daude kapsidearen itxuraren arabera: Subunitateak ardatz zentral batera lotzen dira barnean hutsunea duen egitura helikoidala osatuaz. Honela, harizpi itxurako birioiak osatzen dira zeinak motz eta zurrun edo luze eta oso malgu izan daitezkeen.
 * ** Kapside ** helikoidala subunitate mota bakar batez osatua dago.

Material genetikoa, gehienetan kate bakarreko RNA, baina batzuetan **ssDNA**, proteinazko helizeari lotuta dago, karga negatibodun azido nukleikoa eta karga positibodun proteinen arteko interakzioen ondorioz.

Orohar, kapside helikoidalaren luzera, barnean daraman azido nukleikoaren luzeraren araberakoa da eta diametroa berriz protomeroen tamaina eta antolamenduaren araberakoa. Asko ikertutako **tabakoaren mosaikoaren birusa** da birus helikoidal baten adibidea. Tabakoaren mosaiko-ko birusaren ontzikiratzea (video) The helical capside. media type="youtube" key="CBMr142ynbk" width="336" height="186" || Kapside ikosaedrikoek esfera itxura dute behar baino handipen txikiagoaz begiratuz gero, baina berez ikosaedro baten itxura hartzen dute. Mota ezberdinetako kapsomeroek lotura ez kobalente bidez ikosaedro erregular bat osatzen dute, 20 aurpegi triangular eta 12 ertzeko poliedroa alegia.

Erdialdean hutsune bat geratzen da non azido nukleikoa kokatzen den, bildu bildu eginda. Batzuek aurpegi gehiagoko poliedroak osatzen dituzte eta batzuek kapsidetik kanpokaldera irteten diren zuntz proteikoak ager ditzakete.

Birus ikosaedrikoen adibide moduan ditugu pikornabirusak (hotzeri eta faringitien sortarazleak) eta baita adenobirusak ere. || Aldaera txiki batzuek ager ditzakete, baina orokorrean beren egiturak zati hauek agertzen ditu: Azido nukleikoa daraman buru bat, ikosaedro itxurakoa. Egitura helikoidala duen isatsa, zilindro huts formakoa. Kapsomeroz osatutako lepoko bat burua eta isatsaren artean.

Oinaldeko plaka bat isatsaren azken muturrean, birusa ostalariaren mintz zelularrari lotzen laguntzeko ainguratze puntu batzuekin.

Plaka honetatik, proteinazko zuntz batzuk ere irteten dira, finkapen hori gauzatzen laguntzen dutenak. Birus bakteriofago gehienek itxura konplexu hau izaten dute. || media type="youtube" key="rzdwfwuVWUU" width="560" height="315" align="center"

Sailkatzeko irizpide desberdinak erabiltzen ira: a) __Kapsidearen simetriaren arabera__ (aurreko atalean ikusi ditugun simetria motak). b) __Tamainaren arabera__.(24 nm-tik 300 nm-ra bitarteko tamainak). c) __Bildukia dutenen arabera__. b) __Daramaten Azido Nukleikoaren arabera__: ARN ala ADN den eta katebikoa ala katebakarra den arabera.
 * 4.2- Birus motak **:

Azken irizpide honen arabera (Azido nukleikoaren ) ** Baltimore-ren sailkapena ** erabiltzen da; sailkapen honetan kontutan hartzen dugu birusak bere **mRNA** sortzeko erabiltzen den bidea. Sailkapen honek ** 7 talde **sortu ditu: - norantza negatiboa (ARNm baten osagarria, 3´-5´rakoa) soilik katebakarreko azido nukleikoetan; zuzenean ARNm-tan transkribitzen dira.
 * Kodeak ** :
 * ds ** : kate bikoitza.
 * ss ** : kate polinukleotidiko bakarra.
 * + ** norantza positiboa, ARNm-aren norantza berbera, beraz, ez dira zuzenean itzultzen eta lehendabizi eratu behar da 3`tik 5`-rako katea osagarria ( //minus// motakoa), ondoren honen itzulpena egin ahal izateko.

naked/enveloped ||~ Capsid Symmetry ||~ Nucleic acid type ||~ Group ||
 * ~ Virus Family ||~ Examples (common names) ||~ Virion
 * 1.Adenoviridae || Adenovirus, Infectious canine hepatitis virus || Naked (bilgarririk ez) || Icosahedral || ** ds ** (kate bikoa) || I ||
 * 2.Papillomaviridae || Papillomavirus || Naked || Icosahedral || ** ds ** circular || I ||
 * 3.Parvoviridae || Parvovirus B19, Canine parvovirus || Naked || Icosahedral || ** ss ** (kate bakarra) || II ||
 * 4.Herpesviridae || Herpes simplex virus, varicella-zoster virus, cytomegalovirus, Epstein-Barr virus || Enveloped (Bilgarria) || Icosahedral || ** ds ** || I ||
 * 5.Poxviridae || Smallpox virus, cow pox virus, sheep pox virus, orf virus, monkey pox virus, vaccinia virus || Complex coats || Complex || ** ds ** || I ||
 * 6.Hepadnaviridae || Hepatitis B virus || Enveloped || Icosahedral || circular, ** partially ds ** || VII ||
 * 7.Polyomaviridae || Polyoma virus; JC virus (progressive multifocal leukoencephalopathy) || Naked || Icosahedral || ** ds ** circular || I ||
 * 8.Anelloviridae || Torque teno virus || Naked || Icosahedral || ** ss ** circular || II ||


 * 4.3- Ziklo birikoa ** :

[|Ziklo litikoa (bakteriofagoena).].

Ziklo litikoa Ziklo lisogenikoa Gripearen birusaren zikloa
 * 5.- Zelula bakterianoa: **

Zelula bakterianoa (baciloa): morfologia  Zelula prokoariotoen morfologia.   Zelula bakterianoa. ** Estafilococo **. || Vibrio //parahaemolitycus//. Espirilo (//Treponema pallidum//. Sifilis) ||
 * [[image:alaitznatura/MorfoBact.gif]] || [[image:alaitznatura/715px-SalmonellaNIAID-300x251.jpg]] Salmonella (Bacilo de //Aertrycke//).

Bakterioak, paretaren egituraren arabera, bi motakoak izan daitezke: ** Gram + ** edo ** Gram - ** || **Zitoplasma**: Erdigunean, ADN zirkularra dago, molekula bakarra eta bikatenarioa (badira zenbait salbuespen); zenbait proteinekin lotuta egoten da baina ez dago histonarik. Adn-harizpi hau diametro zelularra baino luzeagoa denez, kiribilduta egoten da eta mesosomari eutsita. ADN-molekularen zati kondentsatuenari nukleoidea deitzen da eta bere kokagunea ** genoforoa **da. || Pareta bakterianoaren osagai bereizgaria, ** mureina ** (peptidoglikanoa) da:molekula konplexua, heteropolisakaridoz eta aminoazidoz osatuta. **GRAM-** || **GRAM**+ || Paretaren egituraketaren arabera, bakterioak **GRAM+** eta **GRAM-** motetan bereizten dira: || . media type="custom" key="23146820" (Click egin) Pareta bakterianoa, mureinazkoa.
 * 5.1- Morfologia: **
 * **Bildukiak**: ** Mintz plasmatikoa **eta kanpotik,** pareta zelularra **(peptidoglikanoz); batzutan, kanpotik, ** kapsula **.
 * Mintz plasmatikoa **Singer eta Nicholson ereduari jarraitzen dio. Mintz plasmatikoan, egitura berezi bat kontutan hartuko dugu: ** Mesosoma **.
 * Zitosol **, ** erribosomak ** (70 S-koak), ** karboxisomak ** eta ** klorosomak ** (edo kromatoforoak, bakterio fototrofoetan soilik) eta zenbait ** bakuolo ** (gasez edo eta erreserbaz beteta) eta ** bikor **(polifosfatoak, almidoia, glukogenoa ...)
 * Beste egitura batzu**: ** Flageloak ** eta ** finbriak **
 * [[image:alaitznatura/peptidoglicano.jpg]] || [[image:alaitznatura/peptidoglicano2.jpg]]
 * [[image:alaitznatura/gpos.gif]][[image:alaitznatura/gram+.gif width="425" height="313"]] Azido** teikoikoak ** polialkohol baten polimeroak dira (ribitol edo glizerol). || [[image:alaitznatura/gneg.gif align="center"]]

Proteinaz osatutako hodi-formako egitura zurrunak dira; bere diametroa, 3 nm- 8 nm bitartekoa izaten da. Zenbait Gram bakterio negatiboen kanpoaldeko azaleran azaltzen dira. Finbriak motzak eta ugariak dira, eta ileak (sexu-ileak), berriz, luzeak, eta bakterio bakoitzeko bat edo bi besterik ez dira ageri. Finbriei esker, antza, bakterioak substratuan edo/eta beste zeluletan finkatu daitezke. Funtzioaren arabera, bi motetan sailkatzen dira: a) **Infekzio-finbriak**: Gehiengoetan, motzak, zuzenak eta hutsak dira; **finbrina**-z osatuta. Itsaspen funtzioa dute, gainazaletan edo beste zelula batzuetan parasito gisa dauden bakterioek infektatzen dituzten zelulei atxikitzeko balio diete. b) **Finbria sexualak** (F finbriak) edo //pilum/pili// edo **//sexu-ileak//**: **Konjugazio**-prozesua eratzen dute (ikusi 5.3.2 atala), hau da zelula batetik besterako material genetikoaren trasnferentzia ahalbidetzeko. Finbrien antzekoak baina luzeagoak eta zabalagoak eta zubi-funtzioa egiten duten, material genikoa zelula batetik beste batera pasatzeko.
 * 5.2- Finbriak eta Flagelo bakterianoaren egitura: **
 * 5.2.1- Finbriak: **


 * 5.2.2- Flageloak: **
 * B **akterioa baino zenbait bider luzeagoak diren luzakin proteiniko finak dira; finbriak baino zabalagoak, haien diametroa, 20 nanometrora iris daiteke. Eukariotoetakoak baino xumeagoak dira. Bi zati ditu: **zona basala** eta zurtoina (flagelina-zko hiru harizpiz osatuta), eta bakterioen lokomozioa ahalbidetzen dute.

Flagelo kopuru eta kokapenaren arabera, bakterioak lau motetan sailkatzen dira: A) **Monotrikoak**: flagelo bakarra, polo zelular batean. B) **Lofotrikoak**: flagelo sorta bakarra, polo zelular batean. C) **Anfitrikoak**: bi polo zelularretan kokatuta. D) **Peritrikoak**: Zelularen perimetroaren zeharko flagelorekin

Bakterioen lokomozioa Flagelo bakterianoa
 * [[image:alaitznatura/flagelobact.png width="545" height="298"]] || [[image:alaitznatura/flag2.png]] ||

Sortzen diren bi zelulak ** klonak ** dira; bien artean berdinak eta abiapuntuko zelularekiko ere, berdinak. Horrela material genetiko berdina duten zelula-koloniak sortzen dira; dena den, hau oso gutxitan gertatzen da, zeren eta bakterioek mutazio indize handia izatne baitute. Bipartizioa Erdibiketaren urratsak: a) Zelularen tamaina, heldutasuneko tamaina izan behar da; hazkunde fasea. b) Heldu baten tamaina lortu ondoren, ADN eraztuna bikoizten da. c) ADN bakterianoa mesosoma batekin lotuta egoten; mintza eta pareta handitzen diren neurrian, mesosomek ADN kopia bakoitzatik tira egiten dute eta horrela bereizten dira. d) zeharko horma (mintza eta pareta) eratuz, zelula bitan banatzen da. Inguruneko baldintzak txarrak badira zenbait zelula prokariotok ugaldu gabe luzaroan egon daitezke (ehun urte baino gehiago). Era berean bakterio batzuek endosporak sor ditzakete. Endosporak zelularen barruan sortzen diren erresistentzia-egiturak dira: jarduera metabolikoa blokeatuta dago eta horrela muturreko tenperatura eta lehortasuna jasan dezakete. Inguruneko baldintzak aldatu direnean endospora metabolikoki aktibo bihurtzen da, ugaltzen da eta bakterio berriak esporak sortzen ditu.
 * 5.3- Edibiketa eta ugalketa parasexuala **: :
 * 5.3.1- Erdibiketa (Bipartizioa, ugalketa asexuala): ** Prozesu honen bitartez, Popuuko zelularekiko ere berdinak.lazioa hazten da baina biodibertsitatea ez.
 * [[image:alaitznatura/bacteri3.gif align="left"]]Bakterioen ohiko ugaltze-prozedura erdibiketa da (bipartizioa). Prozesu horren bitartez, zelula bat bi zelula bihurtzen da, informazio geniko berberarekin eta zitoplasman edukiera eta organoska antzekorekin.

Esporulazio prozesua. || a)** Konjogazioa **. b)** Transdukzioa ** c) ** Transformazioa. ** Batzuetan, bakterioek informazio genetikoa elkartrukatzeko aukera izaten dute prozesu berezien bitartez. Prozesu hauek dira: transformación-transformazioa transducción-transdukzioa eta conjugación-konjogazioa.
 * 5.3.2 **-** Ugalketa parasexuala **:Aldakortasun genetikoa eta biodibertsitate bakterianoa (egokitzeko gaitasuna) hiru prozesutan oinarritzen da[[image:alaitznatura/genetikaBakterianoa.gif align="right"]]

Prozesu hauetan ez dira gametorik sortzen (ez da meiosia); beraz, ugalketa mota hau ez da sexuala; **ugalketa parasexuala** deitzen da. Ugalketa parasexuala (gaztelaniaz) Esteka zabaldu ondoren hautatu Mikrobiologia eta Conjugacion, Transformacion, transduccion.


 * A) Transformazioa: **Apurtu diren beste zelula batzuren ADN zatikiak bakterio baten barnean sartzea da. ADN zatiki hauek bakterio hartzailearen ADN arekin birkonbinatzen da, bere informazioa genetikoan eraldakuntzak sortuz (gene berrien ekarpena gerta daiteke eta).

Prozesu hau burutzen da soilik zelula bakterianoak **F plasmidoa** baldin badu; **plasmidoak** dira nukleoidearekin integratzen diren **episomak** (ADN sekuentzia laburrak, zitosolean aurkitzen direnak) eta bertan dago //**pili**// eratzeko informazio genikoa. //Pilum// honen barrutik emaileak plasmidoa psatzen dio hartzaileari **(F-** bakterioari) eta horrela **F-** bihurtzen da **F+**. Askotan plasmidoa integratzen da ADNko eraztunarekin; **F+** bakterioa aktibatu egin dela esaten da, eta **Hfr** egoerara pasatu dela (//High frequency of reconbination//) eta egoera honetan, bere ADNaren edozein sekuentzia pasa daiteke beste zelula batera; edozein gene eman diezaieke beste bakterioei.
 * B)Transdukzioa: **Birus bakteriofago batek zelula bakteriano bat erasotzen duenean, bakterioak ADN birikoaren kopia berriak egiten ditu. Muntai fasean (enkapsidazioa) ADN bakterianoaren zatikiak sar daitezke kapside proteinikoan (birikoa) . Birus berriek beste bakterio batzu infektatuko dituzte. Mekanismo honen bitartez, zelula bakteriano batek beste bakterio baten geneak jaso ditzake eta bere informazio geniko berritzen da.
 * C) Konjogazioa. **
 * F** plasmidoa duen zelula **F+** deitzen da (bakterio emalea izango da), eta plasmidorik ez duena **F-** (hartzailea).
 * F+** bakterioa **F-** bakterio batekin elkartuko da //**pilum**// baten bidez.

** Beste Baliabide osagarriak (gaztelaniaz) **: media type="custom" key="17988202" align="center"

Aurkibidera itzuli nahi dut.